Dirge of Cerberus se déroule 3 ans après les événements de Final Fantasy VII. Depuis peu, un groupe de soldats nommé Deep Ground commence à semer la panique à Midgar. Enterrés dans les profondeurs de la ville depuis la chute du météore, ils se décident finalement à passer à l'offensive. Vincent Valentine, vampire ayant combattu Sephiroth aux côtés de Cloud il ya 3 ans, semble lié d'une certaine manière à ces attaques. Lui seul peut maintenant libérer le monde de cette menace.